投资者放入余额宝的资金会投资一些货币型基金，其收益一般按照万份来计算的，即收益＝已确认金额／10000×当日万份收益，比如，投资者放入余额宝中10万元，其万分收益为0.49，那么，投资者一天的收益＝100000／10000×0.49＝4.9元，其中每日万分收益有所不同，挑选的基金不同，其收益也有所不同。
需要注意的是，用户在T日的15:00之前转入资金，当天晚上确认份额，T+1日开始计息，计息后下一个自然日可查看收益（T日为交易日），如果T日的15:00之后转入资金，T+1日确认份额，T+2开始计息，计息后下一个自然日可查看收益（T日为交易日），遇到节假日相应的顺延，同时，用户存入余额宝中的资金被用来购买货币基金，其份额在节假日之前确认了，则在节假日有收益，会在节假日结束后的第二个自然日，披露假期期间的收益，这导致投资者在周末后第一天发现万份收益特别高，反之，在节假日之前没有确认，则在节假日没有收益。
从银行卡中转入到余额宝中的资金，在转出时，不收取手续费用，而从余额转入余额宝的资金不可直接通过余额宝转出到卡，需要用户先把它转出到余额再进行提现操作，需要注意的是，从余额提现会收取一定的手续费用，一般按照千分之一收取手续费用，比如，用户转出10000元，则其手续费用=10000×1/1000=10元。
通过笔笔攒、余额宝心愿储蓄、余额宝蚂蚁星愿转入的，这部分资金会被冻结，是不可以用来支付，或者直接提现的，只有把这部分资金进行解冻之后，才可以用来进行日常的消费支付，或者提现。