原因一：成交价格过低
国债逆回购是需要手续费的，如果成交价格过低，导致利息收入甚至比需要缴纳的手续费用还低的话，那么就会出现亏钱的情况了。
原因二：实际占款天数较短
国债逆回购是按实际占款天数来计息的，如果实际占款天数较短的话，那利息收入也不会太多，如果利息收入低于佣金，那么就会出现亏钱的情况了。比如说：某个投资者操作了一笔3天逆回购，但却是在星期五操作的话，那实际占款天数就只有1天，而1天的利息收入可能就不是很多，那如果利息收入低于佣金，那么就会出现亏钱的情况了。
一般情况下，国债逆回购是很少会有亏损的情况，因为国债逆回购相当于是一种短期的贷款，就是你把钱借给别人，然后获得固定利息，而别人用国债来进行抵押，到期还本付息的意思，风险比较小。