医保余额不会清零。医保包括个人账户和统筹账户，个人账户中的钱归参保人本人所有，可以结转使用和依法继承。也就是说，医保个人账户中的钱，其实是包含了往年结余和当年划入的钱，到了年底没有用完，不会清零，而是可以结转到下一年继续使用，简单来说就是可以累计计算。而医保统筹账户中的钱则是由相关部门进行统筹规划，不属于参保人个人，但只要参保人按照规定缴纳保费，那么若是发生医保内医疗费用，就可以使用医保统筹账户进行报销。
一般来说，医保个人账户中的钱可用于支付以下医疗费用：
1.参保人本人及其配偶、父母、子女，在定点医疗机构就医时，所发生的由个人负担的医疗费用，以及在定点零售药店购买药品、医疗器械、医用耗材发生的由个人负担的费用；
2.参保人本人及其配偶、父母、子女，购买普惠型商业补充医疗保险的费用；
3.参保人本人需要缴纳的大额医疗费用补助费；
4.参保人为其配偶、父母、子女购买城乡居民基本医保的个人缴费费用；
5.其他符合国家、省有关规定的费用。