薪金溢1号、2号、3号协议的区别是：
1、工行薪金溢1号是工行为代发工资客户提供的专属产品。签订薪金溢1号协议后，如签约账户人民币活期存款资金满足一定日均余额标准，季度结息时按定期利率计算。利率最高可上浮20%。
2、薪金溢2号协议是指工行为代发工资客户提供的增值型专属服务协议。签订后，如协议账户当季日均活期存款余额大于1万元（含）小于5万元（不含），且季末结息日客户为我行代发工资客户，则按照结息日央行6个月基准利率上浮20%计息，扣减相应活期利息兑付收益。不过此项业务暂时未开通，所以目前办理不了。
3、薪金溢3号协议是指工行为代发工资客户提供的专属服务协议。签订后，系统每月自动将活期存款转存为零存整取。
所以这三个协议都是针对不同需求的用户，不存在哪个更好。如果你想办薪金溢1号协议用来赚收益的话，可以选择薪金溢1号，目前这个也是办理人数比较多的。