1、发行主体不同
两者发行的主体也可以根据其名称来判定，公司债券就是由公司发行的，企业债就是由企业发行的。并且企业债券的发行主要由国有控股公司或者知名企业发行，但是公司债就不会有该限制，其发行主体可以是股份有限公司和有限责任公司。
2、资金用途不同
公司债的资金用途比较广泛。企业债券募集资金主要是为了固定财产的投资以及企业技术创新的改造层面，并且有关活动与国家政府机构有着直接的联系；而公司债券募集资金的使用没有限制性要求，不会强制其为了新项目的建设等，公司债募集的资金既可以用于固定财产投资也可以用于其他用途。
3、发行流程不同
公司债券的发行推行的是核准制，是由监证会主导的，采用随报随批的模式进行；而企业债券采用的是审批制，其办理的程序流程比较复杂。