花呗会自动还款。用户在开通花呗时，系统就默认开通了花呗自动还款的功能，并且这个自动还款的功能人为是没办法撤销的，只能选择自动全额还款或者是自动按账单最低还款额还款。
用户在使用花呗以后，如果到了还款日当天用户没有通过手动还款，那么系统就会自动从用户的账户中扣除当期应还的金额，扣款顺序一般是按照余额-借记卡/卡通（包含网上银行，按照用户的扣款习惯顺序扣款，做多轮3张银行卡）-余额宝，当然用户也可以在支付宝APP设置页面中重新自定义扣款顺序。
如果还款日当天花呗自动扣款失败，那么用户当天就可以选择手动还款，从而避免账单逾期。另外如果用户不想系统自动扣款，也可以在自动扣款之前通过手动进行还款，这样还款日当天系统就不会再自动扣款了。