不建议个人缴纳灵活就业医保的原因为：
1、灵活就业医保的缴纳比例要求比较高，会给参保人带来一定的缴费压力，比如说上海市的灵活就业医保的缴纳比例要求为11%，而拥有固定工作岗位和单位一起缴费的在岗职工的医保缴费比例要求为2%，也就是说假设缴费基数都为8000元，灵活就业人员每月需要缴纳8000×11%=880元的医保费用，而在岗职工每月只需要缴纳8000×2%=160元的医保费用。
2、部分地区的灵活就业人员如果选择按照最低缴费档次缴费灵活就业医保，是没办法建设其医保个人账户的，相比于在岗职工来说，缴费资金压力大还不能享受到一部分的医保待遇，其实是很不划算的。
3、在部分地区灵活就业医保参保人退休之后医保返钱标准要比退休职工参保人的返钱标准低，比如说武汉市的灵活就业医保的参保人，退休之后每月的医保返钱标准是退休职工参保人的80%。
4、灵活就业医保其实也属于职工医保，相应的缴纳连续性和缴纳年限要求和职工医保是一样的，一旦灵活就业人员资金收入无法保证按时缴费医保，在断交的次月就不能享受到相应的医保报销待遇，并且断交超过三个月就会使得原先的缴纳年限被清零。