1、账户开办方不同：零余额账户一般是指由财政部门为满足部门以及单位的需求在银行开设的账户，而基本存款账户则是由单位财政工作人员自行前往银行开设的账户；
2、账户的用途不同：零余额账户主要是用来进行财政支付和财政清算，而基本存款账户可以办理公司的许多业务，包括工资的发放、日常业务的结算等等；
3、账户面向范围不同：零余额账户一般是和政府相关的单位才能办理，基本账户所有单位都能办理。
零余额账户的管理使用
1、财政部门：国家的财政部门主要使用零余额账户进行相关项目的财政支付；
2、预算单位：预算单位主要是按照相关部门的指令，使用零余额账户进行规定额度内的财政支付；
3、行政事业单位：行政事业单位主要负责零余额账户预算单位的账务登记工作，如果预算单位将拨款用在购买物品或服务上，应记为“行政支出”项目。