商家不同的支付方式收取的费率不同，如下：
1、APP支付：标准费率为0.6％－1.2％。
2、当面支付：标准费率为0．6％。
另外，对于不同的商家类型花呗手续费也会不同:
1、天猫商家
对于天猫商家来说，买家使用花呗进行支付，卖家需要向支付宝支付订单金额的0.8%作为手续费，并在消费者确认收货以后由系统自动扣除。
2、线下商家
对于线下用手机支付宝APP和纸质收钱码收钱的商家来说，花呗收钱的手续费为交易金额的0.8%。也就是说，一笔100元的花呗交易，商家需要向支付宝支付8元的手续费。
3、淘宝商家
对于淘宝商家来说，花呗收钱手续费会略微高一些，卖家需要向支付宝支付订单金额的1%作为手续费。也就是说，一笔100元的花呗交易，商家需要向支付宝支付10元的手续费，成本比天猫商家增加2元。
当消费者确认收货以后发生退款，手续费不退，用户已经享受了服务。
淘宝花呗分期费率说明:
卖家需选中3期、6期、9期，才能完成花呗分期设置。
3期由卖家承担淘宝花呗分期手续费，官方定价1.6%，当前按优惠价1.4%执行；对买家来说0首付0利息0手续费，大大激发买家购买热情。
6期、9期，默认买家承担，卖家可以灵活设置手续费承担方式。卖家可以设置单个商品的手续费承担方式。
卖家可以自由设置单品的淘宝花呗分期手续费承担方式，根据天猫分期购的数据，综合3种分期方式，以及买家卖家的承担比例，加权后，每单的平均成本低于1%。
现在花呗支付也很普及，不仅可以增加销量，对店铺也有加权的作用，所以建议卖家只要满足条件都可以开通的。